Lai gan sākotnēji tā laika Zviedrijas premjers Karls Bildts pauda apņemšanos prāmi un bojāgājušos izcelt no jūras, trīs nedēļas pēc katastrofas Zviedrijas valdība nolēma prāmi „Estonia” apklāt ar betona sienu, kas gan vēlāk izrādījās neiespējami. Sagatavošanas darbu laikā bojāejas vietai tika uzbērtas 400 000 tonnu smilšu un akmeņu. Traģēdijas vieta tika slēgta, pirms starptautiskā komisija vēl bija beigusi izmeklēšanu.
Vēlāk parādījās dažādas sazvērestības teorijas: „Estonia” nebija paredzēts pasažieru pārvadāšanai atklātā jūrā, kuģim pat bija aizliegts atstāt Tallinas ostu sliktā tehniskā stāvokļa dēļ, tomēr tas devās reisā pēc augstu Zviedrijas amatpersonu iejaukšanās, bet pārbaudē konstatētie defekti no dokumentiem mīklaini pazuda.
2016. gadā oktobrī prāmja “Estonia” upuru tuvinieku fonds (SEA), kas pārstāv katastrofā bojāgājušo un cietušo zviedru radiniekus, atkārtoti lūdza atsākt izmeklēšanu “Estonia” lietā, balstoties uz Starptautiskās Jūrniecības organizācijas likumu, kas paredz, ka “valstij vai valstīm, kas veikušas izmeklēšanu saistībā ar kuģošanas drošību, ir jāpārskata secinājumi un jāatsāk izmeklēšana tādā gadījumā, ja parādās jauni pierādījumi, kas var mainīt veiktā pētījuma būtību un secinājumus”.
https://www.youtube.com/watch?v=9ok-tauhycU
